La Laguna liegt im Nordosten der Insel Teneriffa auf etwa 550 Metern Höhe über dem Meeresspiegel. Die Stadt befindet sich etwas im Landesinneren, grenzt aber direkt an die Inselhauptstadt Santa Cruz de Tenerife, mit der sie eine gemeinsame Metropolregion bildet.
Geografisch ist La Laguna von grünen Hügeln umgeben und liegt unweit des Biosphärenreservats Anaga – ein Paradies für Wanderer und Naturliebhaber. Die Küste mit ihren schwarzen Sandstränden ist mit dem Auto in etwa 20 Minuten erreichbar. Der Teide-Nationalpark, ein weiteres UNESCO-Welterbe, liegt ebenfalls in der Nähe.
Das Klima ist mild und feucht – typisch für den grünen Norden Teneriffas. Die Temperaturen schwanken im Jahresverlauf zwischen 12 °C und 25 °C. Aufgrund ihrer Höhenlage ist La Laguna etwas kühler als die Küstenregionen – ideal für Besucher, die der Hitze entfliehen möchten. Beste Reisezeiten sind Frühling und Herbst.