Cuenca ist hervorragend an das spanische Verkehrsnetz angebunden. Der Bahnhof Cuenca-Fernando Zóbel liegt an der Hochgeschwindigkeitslinie AVE zwischen Madrid und Valencia, was die Anreise bequem und schnell macht. Von Madrid dauert die Fahrt nur etwa eine Stunde.
Die Stadt ist auch mit dem Auto über die Autobahnen A-40 und N-320 leicht erreichbar. Regionale Buslinien verbinden Cuenca mit kleineren Städten in der Umgebung.
Innerhalb Cuencas lässt sich vieles zu Fuß erkunden, insbesondere im historischen Zentrum. Daneben gibt es ein zuverlässiges Busnetz sowie Taxis. Die Stadt ist überschaubar und gut organisiert, sodass Mobilität für Besucher kein Problem darstellt.