Die Wirtschaft Cuencas stützt sich in erster Linie auf den Tourismus, die Landwirtschaft und den Dienstleistungssektor. Der Kulturtourismus spielt eine zentrale Rolle, da viele Besucher wegen des UNESCO-geschützten Stadtbildes und der zahlreichen Veranstaltungen anreisen.
Die Landwirtschaft rund um Cuenca konzentriert sich auf Weinbau, Olivenöl, Safran und den berühmten Manchego-Käse. Darüber hinaus sind traditionelle Handwerke wie Töpferei, Holzverarbeitung und Textilherstellung noch heute lebendig und prägen das wirtschaftliche und kulturelle Erbe der Region.
Zunehmend entwickelt sich Cuenca auch als Standort für kreative und nachhaltige Unternehmen. Die Stadt bietet Raum und Unterstützung für Start-ups, insbesondere im Bereich Kunst, Technologie und Tourismusdienstleistungen.