Sant Joan Despí ist hervorragend angebunden. Über die S-Bahnlinie R1 und R4 (Rodalies de Catalunya) erreicht man das Zentrum Barcelonas in etwa 15 Minuten. Auch mehrere Buslinien verbinden die Stadt mit den umliegenden Gemeinden sowie mit Barcelona selbst.
Der Flughafen Barcelona-El Prat ist nur ca. 15 Kilometer entfernt und in rund 20 Minuten mit dem Auto oder Taxi erreichbar. Die Anbindung an die Autobahnen A-2, B-23 und C-32 macht die Stadt auch für Autofahrer äußerst zugänglich.
Innerhalb der Stadt sorgt ein gut ausgebautes Netz von Radwegen, Fußgängerzonen und öffentlichem Nahverkehr für eine bequeme Fortbewegung. Auch Carsharing-Angebote und E-Mobilität werden zunehmend gefördert.