Mérida liegt im Westen Spaniens, in der Provinz Badajoz, die Teil der Region Extremadura ist. Die Stadt befindet sich im Landesinneren, direkt am Fluss Guadiana, der Mérida in zwei Hälften teilt und ein zentrales landschaftliches Element bildet. Die Umgebung ist von sanften Hügeln und der für Extremadura typischen offenen Landschaft geprägt.
Wichtige nahegelegene Städte sind Badajoz (ca. 60 km entfernt), Cáceres (rund 70 km) und Sevilla, das in etwa zwei Autostunden erreichbar ist. Auch die portugiesische Hauptstadt Lissabon ist innerhalb von drei Stunden mit dem Auto erreichbar.
Das Klima in Mérida ist mediterran-kontinental. Die Sommer sind heiß und trocken, mit Temperaturen über 35 °C, während die Winter mild und sonnig bleiben. Die besten Reisezeiten sind Frühling (April bis Juni) und Herbst (September bis Oktober), wenn das Wetter angenehm und ideal für Erkundungen ist.