Zafra liegt im Südwesten Spaniens, in der autonomen Region Extremadura, Provinz Badajoz. Die Stadt befindet sich im Landesinneren, am Fuß der Sierra de Castellar, inmitten einer fruchtbaren Ebene mit Olivenhainen, Weinbergen und Korkeichenwäldern. Diese zentrale Lage bietet einen beeindruckenden Blick auf das umliegende Hügelland und lädt zu Outdoor-Aktivitäten in der Natur ein.
In der Nähe liegen wichtige Städte wie Badajoz (ca. 70 km nördlich) und Mérida (ca. 60 km nordöstlich), während Sevilla, eine der größten Städte Andalusiens, in etwa 150 km Entfernung bequem mit dem Auto oder Zug erreichbar ist. Die Stadt liegt zudem an der historischen Handelsroute „Vía de la Plata“.
Das Klima in Zafra ist mediterran-kontinental geprägt. Die Sommer sind heiß und trocken, während die Winter mild und eher feucht sind. Die besten Reisezeiten sind Frühling und Herbst, wenn das Wetter angenehm warm ist und viele Feste und kulturelle Veranstaltungen stattfinden.