Zafra ist gut an das spanische Verkehrsnetz angebunden. Die Stadt liegt direkt an der Autobahn A-66 (Ruta de la Plata), die Nord- und Südspanien miteinander verbindet. Dadurch ist Zafra schnell aus Städten wie Sevilla, Mérida und Badajoz erreichbar.
Der nächstgelegene Flughafen befindet sich in Badajoz, etwa 70 Kilometer entfernt. Internationale Flüge sind über den Flughafen Sevilla möglich, der rund 1,5 Stunden Autofahrt entfernt liegt. Zafra verfügt zudem über einen Bahnhof mit regelmäßigen Zugverbindungen nach Mérida, Cáceres und Sevilla.
Innerhalb der Stadt kann man sich bequem zu Fuß bewegen, vor allem in der gut erhaltenen Altstadt. Es gibt auch Busverbindungen für die Außenbezirke sowie lokale Taxis. Insgesamt ist die Stadt übersichtlich, ruhig und sehr zugänglich für Besucher.