Die Wirtschaft Baionas ist stark vom Tourismus geprägt. In den Sommermonaten beleben tausende Besucher die Stadt, was Hotels, Gastronomie, Souvenirshops und Freizeitbetrieben einen kräftigen Impuls gibt. Auch nautischer Tourismus mit Segel- und Motorbooten ist ein wachsender Bereich.
Zudem spielt die Fischerei, insbesondere in Form traditioneller kleiner Fischereibetriebe, noch eine bedeutende Rolle. Der Hafen dient sowohl als Fischereihafen als auch als Jachthafen. Der Fischmarkt bietet täglich frische Meeresprodukte aus der Region.
Ein weiterer wirtschaftlicher Aspekt ist das Kunsthandwerk: Keramik, Webkunst und traditionelle Stickereien sind beliebte Mitbringsel. Kleine Manufakturen und Familienbetriebe bewahren diese alten Traditionen.