Alfaro ist gut an das spanische Verkehrsnetz angeschlossen. Die Stadt liegt an der Autobahn AP-68, die Bilbao mit Saragossa verbindet. Außerdem verläuft die Nationalstraße N-232 direkt durch die Region. Die Bahnanbindung ist ebenfalls gut – es gibt eine direkte Zugverbindung nach Logroño und Saragossa.
Die nächstgelegenen Flughäfen sind Logroño-Agoncillo (ca. 60 km), Saragossa (ca. 110 km) und Pamplona (ca. 90 km), von wo aus nationale und internationale Flugverbindungen bestehen.
Innerhalb von Alfaro kommt man gut zu Fuß oder mit dem Fahrrad zurecht. Es gibt auch lokale Busverbindungen und Taxis. Die Stadt ist übersichtlich und ideal für Spaziergänge oder kleine Radtouren entlang des Ebro.