Alcalá de Henares ist hervorragend an das nationale Verkehrsnetz angebunden. Der internationale Flughafen Madrid-Barajas ist nur etwa 25 Kilometer entfernt und über die Autobahn A-2 sowie mit öffentlichen Verkehrsmitteln leicht erreichbar.
Die Stadt verfügt über eine eigene Bahnstation mit Anbindung an die Nahverkehrslinien C2 und C7, die regelmäßige Verbindungen nach Madrid und andere Städte bieten. Auch Fernbusse und Regionalbusse machen einen Besuch ohne eigenes Auto problemlos möglich.
Innerhalb der Stadt gibt es ein gut organisiertes Busnetz und viele Fußgängerzonen. Radwege und Mietfahrräder erleichtern zudem eine nachhaltige und flexible Mobilität. Der kompakte Stadtkern macht auch das Erkunden zu Fuß sehr angenehm.