Die Wirtschaft von Colmenarejo ist vor allem vom Dienstleistungssektor geprägt. Eine zentrale Rolle spielt der Bildungsbereich, insbesondere durch den Campus der Universidad Carlos III, der zahlreiche Arbeitsplätze bietet und die Stadt mit akademischem Leben erfüllt.
Der Tourismus gewinnt zunehmend an Bedeutung, insbesondere in den Bereichen Ökotourismus und ländlicher Tourismus. Die Nähe zu Naturparks und historischen Sehenswürdigkeiten lockt Wochenendbesucher und Urlauber gleichermaßen an.
Zudem pflegt die Region traditionelles Handwerk und landwirtschaftliche Erzeugnisse. Besonders bekannt ist Colmenarejo für seinen Honig, handgemachte Keramik und lokale Wurstwaren, die auf Wochenmärkten oder bei Festen verkauft werden.