El Molar befindet sich im nördlichen Teil der Provinz Madrid, in der Region Sierra Norte. Die Stadt liegt eingebettet in eine hügelige Landschaft, umgeben von Feldern, Weinbergen und Olivenhainen. Obwohl sie nicht an der Küste liegt, bietet sie durch ihre erhöhte Lage einen herrlichen Blick auf das Umland und profitiert von einem besonders klaren Klima.
In unmittelbarer Nähe befinden sich die Sierra de Guadarrama und das Naturgebiet Cuenca Alta del Manzanares – beides beliebte Ziele für Wanderer und Naturfreunde. Die direkte Anbindung an die Autobahn A-1 (Madrid–Burgos) macht El Molar auch für Reisende aus dem Norden Spaniens leicht erreichbar.
Das Klima ist kontinental-mediterran mit heißen Sommern und kühlen Wintern. Frühling und Herbst sind die angenehmsten Reisezeiten, mit milden Temperaturen und einer lebendigen, blühenden Natur. Die klaren Nächte im Sommer laden zudem zu Open-Air-Veranstaltungen und kulinarischen Abenden unter dem Sternenhimmel ein.