Galapagar ist hervorragend an das Verkehrsnetz angebunden. Über die Nahverkehrszüge der Linie C-3a und C-8 ist die Stadt in etwa 35–40 Minuten mit dem Zentrum von Madrid verbunden. Die Zugverbindung ist schnell, zuverlässig und besonders für Pendler und Tagesbesucher ideal.
Mit dem Auto ist Galapagar über die Schnellstraße M-505 leicht erreichbar. Zahlreiche Buslinien verbinden die Stadt zudem mit benachbarten Ortschaften und Vororten. Die regionale Verkehrsinfrastruktur ist gut ausgebaut, sodass auch ohne Auto eine hohe Mobilität gewährleistet ist.
Innerhalb der Stadt sind viele Wege gut zu Fuß oder mit dem Fahrrad zu bewältigen. Die Stadtverwaltung fördert nachhaltige Mobilität durch den Ausbau von Radwegen und Fußgängerzonen.
Für internationale Gäste bietet sich der Flughafen Madrid-Barajas an, der in etwa einer Stunde mit dem Auto erreichbar ist. Von dort aus kann man mit öffentlichen Verkehrsmitteln bequem nach Galapagar weiterreisen.