San Fernando de Henares ist hervorragend an das Verkehrsnetz angebunden. Der internationale Flughafen Madrid-Barajas ist nur etwa 10 Kilometer entfernt und in wenigen Minuten erreichbar. Die Metro-Linie 7 verbindet die Stadt direkt mit Madrid und anderen Vororten, während mehrere Buslinien und regionale Züge für flexible Mobilität sorgen.
Autofahrer profitieren von der Nähe zu wichtigen Autobahnen wie der A-2 und der M-50, die schnelle Verbindungen nach Madrid, Alcalá de Henares und in andere Teile Spaniens ermöglichen. Das gut ausgebaute Straßennetz macht die Stadt auch für Pendler attraktiv.
Innerhalb der Stadt gibt es ein modernes Nahverkehrssystem mit Stadtbussen sowie zahlreiche Radwege und Fußgängerzonen. Die Wege sind kurz, was das Leben in San Fernando angenehm und stressfrei macht – sowohl für Bewohner als auch für Besucher.