Die Wirtschaft von San Fernando de Henares ist eng mit der Industrie und Logistik verbunden. Als Teil des Henares-Korridors ist die Stadt ein bedeutender Standort für Spedition, Lagerhaltung und Produktionsunternehmen. Viele nationale und internationale Firmen haben hier ihre Niederlassungen oder Logistikzentren.
Darüber hinaus gewinnt der Dienstleistungssektor zunehmend an Bedeutung, insbesondere im Einzelhandel, in der Gastronomie und bei kulturellen Dienstleistungen. Der wachsende Wohnungsbau und die Modernisierung der Infrastruktur stärken auch die lokale Bauwirtschaft.
Traditionelle Handwerksbetriebe und kleine Familienunternehmen sorgen für ein vielfältiges wirtschaftliches Gefüge. Wochenmärkte und lokale Produkte – darunter Gemüse, Olivenöl und Backwaren – spiegeln die Verwurzelung der Stadt in regionaler Wirtschaft und lokaler Versorgung wider.