Die Wirtschaft von San Sebastián de los Reyes basiert vor allem auf dem Dienstleistungssektor, Logistik, Einzelhandel und Industrie. Die Stadt ist ein bedeutender Standort für nationale und internationale Unternehmen und profitiert von ihrer Nähe zu Madrid und dem Flughafen Barajas.
Der Industriepark Norte und weitere Gewerbegebiete beherbergen Firmen aus den Bereichen IT, Distribution, Fahrzeugtechnik und Konsumgüter. Auch kleine und mittlere Unternehmen sowie innovative Start-ups finden hier ein unterstützendes Umfeld.
Ein wachsender Bereich ist der Einzelhandel mit großen Einkaufszentren wie Plaza Norte 2. Die Stadt ist zudem bekannt für lokale Märkte, Kunsthandwerk und Spezialitätenläden, die typische Produkte aus der Region anbieten.