Die Wirtschaft Melillas basiert vor allem auf dem öffentlichen Dienst, dem Handel und dem Tourismus. Aufgrund eines besonderen Steuerstatus ist die Stadt wirtschaftlich attraktiv, besonders für kleine und mittelständische Unternehmen.
Der Handel – insbesondere mit Marokko – spielt eine zentrale Rolle. Der Hafen ist ein logistisches Zentrum für Warenverkehr zwischen Afrika und Europa. Daneben haben auch das Militär und die öffentliche Verwaltung große wirtschaftliche Bedeutung.
Der Tourismussektor wächst stetig, unterstützt durch die historische Architektur, das mediterrane Klima und das einzigartige kulturelle Angebot. Auch Handwerkskunst wie Keramik, Textilien und regionale Kulinarik gewinnen an Bedeutung.