Die Wirtschaft von Molina de Segura ist traditionell landwirtschaftlich geprägt – insbesondere durch Obst- und Gemüseanbau. Doch in den letzten Jahrzehnten hat sich die Stadt zu einem wichtigen industriellen Zentrum in der Region Murcia entwickelt.
Ein bedeutender Wirtschaftszweig ist die Lebensmittelverarbeitung, insbesondere Konservenproduktion. Darüber hinaus ist Molina ein bedeutender Standort für Verpackungsindustrie und Logistik. In mehreren Industriegebieten sind sowohl nationale als auch internationale Unternehmen angesiedelt.
Auch der Dienstleistungssektor wächst stetig. Handwerk, Einzelhandel und Gastronomie spielen eine zentrale Rolle im lokalen Wirtschaftsleben. Die Stadt fördert zudem den Ausbau von nachhaltigem Tourismus und regionalen Produkten wie Olivenöl und Wein.