San Javier liegt im Osten der autonomen Region Murcia, direkt am Mar Menor, einer einzigartigen Lagune, die durch eine schmale Landzunge – La Manga – vom Mittelmeer getrennt ist. Diese privilegierte Lage verleiht der Stadt eine besondere landschaftliche Schönheit und touristische Bedeutung.
In der Nähe befinden sich die bedeutenden Städte Cartagena (ca. 35 km entfernt) und Murcia (etwa 50 km entfernt). Auch das Naturreservat „Salinas y Arenales de San Pedro del Pinatar“ liegt in unmittelbarer Umgebung – ein Paradies für Vogelbeobachter und Naturliebhaber.
Das Klima ist mediterran und semiarid: heiße, trockene Sommer mit Temperaturen über 30°C und milde Winter mit Temperaturen um 12–15°C. Niederschläge sind selten, wodurch San Javier fast das ganze Jahr über als Reiseziel geeignet ist. Die beste Reisezeit liegt zwischen April und Oktober.