Die Geschichte San Javiers reicht bis in die Römerzeit zurück, und später war das Gebiet von Mauren besiedelt. Die eigentliche Stadtstruktur entwickelte sich jedoch erst im 16. Jahrhundert, mit dem Bau der ersten Kirche zu Ehren des heiligen Franz Xaver (San Javier), dem Schutzpatron der Stadt.
Kulturell ist San Javier besonders bekannt für sein renommiertes Internationales Jazzfestival, das jedes Jahr im Sommer stattfindet und weltbekannte Künstler anzieht. Auch die Karwoche (Semana Santa) sowie die Feierlichkeiten zum Stadtpatron im Dezember sind kulturelle Höhepunkte.
Traditionen wie Prozessionen, Folkloretänze und kulinarische Volksfeste sind fest im Jahreskalender verankert. Historische Sehenswürdigkeiten wie die Kirche San Francisco Javier und das Museum der Luftfahrtgeschichte spiegeln die kulturelle Identität der Stadt wider.