San Javier ist über mehrere Verkehrsmittel gut erreichbar. Der nächstgelegene Flughafen ist der Regionale Flughafen Murcia-Corvera (etwa 30 Minuten entfernt), während der internationale Flughafen Alicante rund eine Stunde Fahrzeit erfordert.
Die Stadt ist über die Autobahnen AP-7 und N-332 an das nationale Straßennetz angebunden. Buslinien verbinden San Javier mit Murcia, Cartagena und weiteren Städten der Region.
Innerhalb der Stadt und in Richtung der Küstenorte wie Santiago de la Ribera existieren Buslinien, Taxis sowie zahlreiche Radwege. Viele Sehenswürdigkeiten sind auch bequem zu Fuß erreichbar, was die Mobilität für Touristen zusätzlich erleichtert.