Die Wirtschaft San Javiers basiert auf drei Hauptsäulen: Tourismus, Landwirtschaft und Luftfahrt. Der Küstentourismus mit seinen Hotels, Restaurants und Freizeiteinrichtungen stellt die bedeutendste Einkommensquelle dar.
Die Landwirtschaft in der Region Murcia, insbesondere in San Javier, ist für ihre hochwertigen Gemüse- und Obstsorten bekannt. Produkte wie Zitronen, Paprika und Melonen werden sowohl im Inland verkauft als auch exportiert.
Ein weiteres wirtschaftliches Standbein ist die Militärbasis der spanischen Luftwaffe, die Akademie der Luftstreitkräfte (Academia General del Aire), welche Ausbildungsstätte und Arbeitgeber zugleich ist. Auch kleine Handwerksbetriebe und Familienunternehmen prägen das lokale Wirtschaftsleben.