San Pedro del Pinatar liegt im Nordosten der autonomen Region Murcia, direkt an der Grenze zur Provinz Alicante. Die Stadt befindet sich zwischen zwei Gewässern – dem Mar Menor und dem Mittelmeer – was ihr ein einzigartiges maritimes Flair verleiht. Nur etwa eine Stunde nördlich liegt Alicante, während Cartagena etwa 40 Minuten südlich erreichbar ist.
Zu den geografischen Besonderheiten zählen das Naturschutzgebiet „Salinas y Arenales de San Pedro del Pinatar“, lange Sandstrände wie Playa de la Llana und das Gebiet rund um den Naturpark mit seinen Flamingos, Salinen und Dünenlandschaften. Diese natürlichen Highlights machen die Stadt besonders für Naturfreunde und Fotografen interessant.
Das Klima ist mediterran-arid, mit heißen, trockenen Sommern und milden Wintern. Die Durchschnittstemperaturen liegen zwischen 10 °C im Winter und über 30 °C im Sommer. Die beste Reisezeit reicht von Frühling bis Herbst, wobei besonders Mai bis Oktober für Strandbesuche, Veranstaltungen und Outdoor-Aktivitäten empfohlen werden.