Maliaño liegt im Norden Spaniens in der autonomen Gemeinschaft Kantabrien. Die Stadt gehört zur Gemeinde Camargo und befindet sich direkt am Ufer der Bucht von Santander, was ihr eine besondere maritime Atmosphäre verleiht. Sie ist Teil der Metropolregion Santander und profitiert von ihrer Nähe zu dieser bedeutenden Küstenstadt.
Zu den markanten geographischen Merkmalen in der Umgebung zählen das Kantabrische Meer, die Flüsse Miera und Pas sowie die imposanten Berge der Kantabrischen Kordillere. In der Nähe liegen auch Naturparks wie der Parque Natural de las Dunas de Liencres und der Parque de la Naturaleza de Cabárceno, die sich ideal für Tagesausflüge eignen.
Das Klima in Maliaño ist ozeanisch mit milden Sommern und feuchten Wintern. Die Temperaturen im Sommer liegen zwischen 20 und 25 °C, was die Monate Mai bis September zur besten Reisezeit macht. Auch der Frühherbst eignet sich für Besucher, die das kulturelle Leben und die Gastronomie der Stadt in einer ruhigeren Atmosphäre genießen möchten.