Die Wirtschaft Maliaños basiert stark auf Dienstleistungen, Transport und Industrie. Als Standort des internationalen Flughafens Santander spielt die Stadt eine zentrale Rolle für den Personen- und Güterverkehr der Region. Auch Logistikunternehmen und Transportunternehmen haben sich in der Nähe angesiedelt.
Die Nähe zum Industriegebiet von Santander macht Maliaño auch für kleine und mittlere Unternehmen attraktiv. Es gibt eine Vielzahl an Handwerksbetrieben, Bauunternehmen sowie Firmen aus dem Bereich Maschinenbau und Verpackung. Auch Start-ups und technologieorientierte Unternehmen finden hier zunehmend Fuß.
Ein aufstrebender Bereich ist der nachhaltige Tourismus, insbesondere mit Fokus auf Naturerlebnisse und regionale Gastronomie. Die Förderung lokaler Produkte – etwa Käse, Fischkonserven oder Süßwaren – trägt zur Identitätsbildung und wirtschaftlichen Vielfalt bei.