Die Wirtschaft von Santa María de Cayón basiert traditionell auf Landwirtschaft und Viehzucht. Besonders die Milchproduktion spielt eine bedeutende Rolle – viele der regional bekannten Käsesorten und Milchprodukte stammen aus dieser Gegend. Auch Fleisch- und Wurstwaren werden lokal hergestellt und vermarktet.
In den letzten Jahren hat sich der ländliche Tourismus zu einem wichtigen Wirtschaftsfaktor entwickelt. Kleine Hotels, Ferienhäuser und landwirtschaftliche Erlebnisangebote erfreuen sich wachsender Beliebtheit bei spanischen wie internationalen Gästen. Auch Bio-Produkte und Direktvermarktung gewinnen an Bedeutung.
Daneben gibt es kleinere Betriebe im verarbeitenden Gewerbe, insbesondere in der Lebensmittelverarbeitung. Die Nähe zu Städten wie Santander und Torrelavega eröffnet zudem Pendlern und Unternehmern wirtschaftliche Möglichkeiten.