Die Architektur in Santoña kombiniert Elemente traditioneller kantabrischer Bauweise mit militärischen Festungsbauten aus dem 18. und 19. Jahrhundert. Besonders sehenswert sind das Fort San Martín, das Fort San Carlos und die Kirche Santa María del Puerto – ein Nationaldenkmal aus dem 13. Jahrhundert.
Ein architektonisches und landschaftliches Highlight ist der „Faro del Caballo“, ein ehemaliger Leuchtturm, der über Hunderte in die Felsen gemeißelte Stufen erreichbar ist. Der Weg dorthin führt durch Pinienwälder und bietet spektakuläre Ausblicke über das Meer.
Weitere Sehenswürdigkeiten sind der Naturpark Marismas de Santoña, der eine außergewöhnliche Vogelvielfalt beherbergt, sowie das Museum der Sardellen, das die Geschichte und Techniken der Fischverarbeitung in der Region dokumentiert.