Santoña ist gut angebunden und sowohl mit dem Auto als auch mit öffentlichen Verkehrsmitteln leicht zu erreichen. Die Autobahn A-8 verbindet die Stadt mit Santander, Bilbao und dem restlichen Nordspanien.
Der nächste Flughafen befindet sich in Santander (etwa 45 km entfernt), von dem aus es Busverbindungen nach Santoña gibt. Auch der Flughafen Bilbao ist mit etwa 90 km Entfernung gut erreichbar. Ein regionales Busnetz verbindet Santoña mit anderen Städten der Region.
Innerhalb der Stadt ist man zu Fuß oder mit dem Fahrrad bestens unterwegs. Die kompakte Stadtstruktur und zahlreiche Fußgängerzonen machen Santoña besonders angenehm und sicher für Besucher.