Die wirtschaftliche Grundlage Santoñas ist seit Jahrhunderten die Fischerei, insbesondere die Verarbeitung und Konservierung von Sardellen, für die die Stadt international bekannt ist. Zahlreiche lokale Betriebe produzieren Fischkonserven von höchster Qualität und exportieren diese weltweit.
Der Tourismus gewinnt zunehmend an Bedeutung, besonders durch Naturerlebnisse, Wandertourismus und Kulinarik. Die Nähe zu geschützten Naturgebieten und der authentische Charme der Stadt ziehen jedes Jahr mehr Besucher an.
Zusätzlich existieren kleinere Handwerksbetriebe, landwirtschaftliche Erzeuger und Anbieter von regionalen Spezialitäten wie Käse, Honig oder Wein. Diese Vielfalt trägt zur wirtschaftlichen Stabilität und Nachhaltigkeit bei.