Pájara se encuentra en la costa suroeste de Fuerteventura, una de las islas más grandes del archipiélago canario. Su ubicación costera ofrece paisajes de playas interminables que contrastan con el terreno volcánico del interior de la isla. El municipio está cerca del Parque Natural de Jandía, una vasta área protegida que combina montañas, acantilados y dunas. La cercanía de Morro Jable, al sur, ofrece más servicios y conexiones, mientras que Betancuria, en el norte, es famosa por su historia y cultura.
El clima en Pájara es subtropical árido, con más de 300 días de sol al año. Las temperaturas son suaves durante todo el año, con veranos cálidos atenuados por la brisa del Atlántico y inviernos suaves y secos, lo que convierte a la región en un destino ideal para visitar en cualquier época del año. Los mejores meses para visitar son entre octubre y abril, cuando el clima es más fresco, pero aún ideal para disfrutar de actividades al aire libre.