San Fernando de Henares cuenta con una economía diversificada, siendo el sector industrial uno de sus principales motores. La ciudad es un importante centro logístico debido a su proximidad a Madrid, con varias empresas multinacionales que han establecido centros de distribución en la zona. Los polígonos industriales, como el Polígono Industrial de San Fernando, desempeñan un papel crucial en la economía local y proporcionan empleo a muchos de sus habitantes.
En los últimos años, el sector de la tecnología y la innovación también ha crecido en la ciudad, con varias startups y empresas tecnológicas que se han instalado aquí. Esto ha contribuido a la diversificación de la economía local y ha atraído a talento joven y cualificado.
El turismo también está en aumento, especialmente gracias a los festivales locales y los eventos culturales que atraen a un número creciente de visitantes. Si bien no es la principal industria, el turismo se está consolidando como un factor importante en la economía de la ciudad.