La economía de San Javier se sustenta principalmente en el turismo, la agricultura y, en menor medida, en el sector de los servicios. La proximidad al Mar Menor y al Mediterráneo convierte a la ciudad en un destino turístico por excelencia, atrayendo a visitantes durante todo el año, pero especialmente en los meses de verano. La industria hotelera está muy desarrollada, con una amplia oferta de alojamientos y restaurantes que atienden a los turistas.
La agricultura sigue siendo una parte importante de la economía local, aprovechando los fértiles suelos de la región de Murcia. Entre los productos más destacados se encuentran los cítricos, los olivos y las hortalizas, que se comercializan tanto en mercados locales como para exportación.
El auge del turismo ha impulsado el crecimiento de pequeños negocios relacionados con los deportes acuáticos, guías turísticos y experiencias culinarias, lo que hace de San Javier un destino versátil para emprendedores y pequeñas empresas.