La economía de Santa Cruz de Bezana se basa principalmente en la agricultura, la pesca y el turismo. Las fértiles tierras que rodean el municipio permiten el cultivo de una variedad de productos agrícolas, como hortalizas y productos lácteos, que juegan un papel importante en la economía local. La pesca, otra industria clave, refleja la histórica conexión del municipio con el mar, y los productos del mar frescos siguen siendo un pilar de la gastronomía local.
En los últimos años, el turismo ha crecido hasta convertirse en un motor económico importante, con visitantes atraídos por la belleza escénica del lugar, su atmósfera relajada y su cercanía a Santander y otros puntos de interés en Cantabria. Además, las industrias artesanales a pequeña escala, como la cerámica y la carpintería, son prevalentes, ofreciendo productos únicos y hechos a mano para los visitantes.
Santa Cruz de Bezana se destaca por su enfoque en el desarrollo sostenible, equilibrando el crecimiento económico con la preservación de su entorno natural. Esto ha permitido que el municipio mantenga sus industrias tradicionales mientras acoge nuevas oportunidades relacionadas con el ecoturismo y las actividades recreativas al aire libre.