La economía de Santa María de Cayón se basa principalmente en la agricultura, con las fértiles tierras del valle del Pas apoyando una variedad de cultivos, ganadería y productos lácteos. Los productos lácteos, especialmente los quesos y la leche, son algunos de los productos más conocidos de la región, lo que contribuye a la economía del pueblo y a su gastronomía local. El pueblo también apoya la agricultura a pequeña escala, con muchos residentes involucrados en prácticas agrícolas tradicionales, lo que ayuda a preservar el carácter rural de la zona.
En los últimos años, el turismo ha ganado importancia como sector económico en Santa María de Cayón. Gracias a su proximidad a parques naturales, sitios históricos y la costa cantábrica, el pueblo ha visto un aumento en el número de visitantes que buscan tanto relajarse como aventurarse. Los pequeños negocios, como alojamientos rurales, tiendas de artesanía local y restaurantes, han prosperado con esta afluencia de turistas, creando un mercado en crecimiento para los servicios de hospitalidad.
Además, el pueblo alberga varios mercados locales donde los visitantes pueden comprar productos frescos, artesanías hechas a mano y otras especialidades regionales, contribuyendo a la vitalidad económica de la zona.