El Puerto de Santa María está bien comunicado y es fácilmente accesible por varios medios de transporte. El aeropuerto más cercano es el Aeropuerto de Jerez, ubicado a solo 30 minutos en coche, que ofrece vuelos nacionales e internacionales. Para aquellos que viajan en tren, la ciudad está en la línea ferroviaria principal que conecta Cádiz con Sevilla, con servicios regulares a ambas ciudades. Los trenes de alta velocidad (AVE) desde Sevilla permiten llegar a Madrid en menos de tres horas.
Dentro de la ciudad, el transporte público es eficiente, con autobuses y taxis disponibles para moverse con facilidad. La red de autobuses locales cubre la mayoría de las áreas de interés, incluidas las playas y los sitios históricos, mientras que el servicio de ferry entre El Puerto y Cádiz ofrece una manera escénica y conveniente de cruzar la bahía. El ciclismo y caminar también son formas populares de explorar la ciudad, gracias a su terreno llano y calles amigables para los peatones.
Para aquellos que prefieren conducir, la ciudad está bien conectada con las principales autopistas, como la AP-4, que une Cádiz con Sevilla. Hay estacionamientos disponibles en toda la ciudad, lo que facilita la movilidad para quienes alquilan un coche o viajan con su propio vehículo.