La economía de Berja ha estado tradicionalmente vinculada a la agricultura, y sigue siendo uno de los principales motores económicos de la región. La ciudad es famosa por sus cultivos de cítricos, especialmente naranjas y limones, que son de una calidad excepcional gracias al clima y a las técnicas de riego heredadas de los árabes. La producción de aceite de oliva también es importante en la región, y hay varios molinos locales que elaboran aceite de alta calidad.
Además de la agricultura, el turismo está ganando relevancia en Berja, especialmente el turismo rural y cultural. La proximidad a las playas de Almería y la riqueza de su patrimonio histórico hacen de Berja un destino emergente para aquellos que buscan una experiencia más auténtica lejos de las zonas turísticas más concurridas. Esto ha dado lugar al crecimiento de pequeños negocios locales, como alojamientos rurales, restaurantes y tiendas de productos artesanales.
La industria de la construcción y las energías renovables, en particular la energía solar, también juegan un papel importante en la economía local, aprovechando el abundante sol de la región.