Berja está bien conectada con las principales ciudades de la región. La forma más fácil de llegar es a través del Aeropuerto de Almería, que está a unos 70 km de distancia, desde donde se puede llegar a Berja en coche o en autobús en poco más de una hora. También hay buenas conexiones por carretera, con la Autovía del Mediterráneo (A-7) proporcionando acceso rápido desde otras ciudades andaluzas.
El transporte público dentro de Berja incluye una red de autobuses que conecta los distintos barrios de la ciudad y los pueblos cercanos. Aunque es un lugar relativamente pequeño, la ciudad es muy accesible a pie, y muchas de las principales atracciones turísticas están a corta distancia unas de otras. Para aquellos que prefieren moverse en bicicleta, la topografía mixta de la ciudad ofrece rutas interesantes tanto para ciclistas aficionados como experimentados.
Para eventos o visitas en grupo, también se pueden alquilar servicios de transporte privado, que facilitan el acceso a áreas más remotas como la Sierra de Gádor o las playas cercanas.