La economía de San Fernando está impulsada en gran medida por el turismo, especialmente por su cercanía a las playas y su rico patrimonio cultural. La ciudad también sigue siendo un importante centro naval, con instalaciones militares y astilleros que son pilares fundamentales de la economía local. La presencia de la Armada Española ha marcado el carácter de la ciudad, tanto en términos económicos como culturales.
Tradicionalmente, la pesca y la extracción de sal han sido actividades económicas clave, y aunque su importancia ha disminuido con el tiempo, aún forman parte del tejido económico de San Fernando. La sal de las marismas de la Bahía de Cádiz es apreciada por su calidad y es uno de los productos locales más valorados. Además, en los últimos años, el turismo ecológico ha ganado relevancia, con un enfoque en la sostenibilidad y la conservación del medio ambiente.
La artesanía local también desempeña un papel en la economía de la ciudad. Los productos hechos a mano, especialmente los relacionados con el mar, como la artesanía en conchas y la madera, son altamente valorados y se pueden encontrar en mercados y tiendas locales.