La economía de Fernán-Núñez está principalmente impulsada por la agricultura, la manufactura y el turismo. Las tierras fértiles que rodean la localidad apoyan el cultivo de aceite de oliva, cereales y diversas frutas, con muchos productores locales que se enorgullecen de sus productos orgánicos y de alta calidad. Esta herencia agrícola es un aspecto esencial de la economía local, contribuyendo a las ofertas culinarias de la región.
En los últimos años, el turismo se ha convertido en un sector cada vez más importante, con visitantes atraídos por el encanto y la significancia histórica de la localidad. Las artesanías locales, como la cerámica y los textiles, prosperan, con artesanos que producen productos únicos que reflejan la identidad cultural de la ciudad. Estos productos a menudo se venden en mercados locales, atrayendo tanto a residentes como a turistas.
Además, la localidad ha visto un aumento en pequeños negocios y restaurantes que celebran los sabores y tradiciones locales, enriqueciendo el paisaje económico y ofreciendo a los visitantes una muestra de la auténtica gastronomía andaluza.