La economía de Aljaraque se basa en gran medida en la agricultura, el turismo y pequeñas industrias artesanales. La ubicación en las fértiles llanuras de Huelva permite el cultivo de olivos, viñedos y otros productos agrícolas que forman la base de la economía local. Además, la proximidad a los humedales y áreas protegidas ha fomentado el desarrollo del ecoturismo, atrayendo a visitantes interesados en el turismo sostenible y la naturaleza.
El turismo ha crecido en importancia para la economía de Aljaraque, especialmente debido a su cercanía a las playas y reservas naturales. Muchos pequeños negocios, como tiendas familiares, mercados locales y restaurantes, se benefician del flujo estacional de turistas, especialmente durante las festividades y vacaciones de verano.
El artesanado es otra industria clave en Aljaraque. Los productos locales, como cerámicas, textiles hechos a mano y artículos tradicionales andaluces, se venden en los mercados locales y atraen a turistas que buscan llevarse un pedazo de la cultura local a casa.