Aljaraque es fácilmente accesible desde las principales ciudades del sur de España. El aeropuerto más cercano es el de Sevilla, que está a unos 100 kilómetros de distancia, ofreciendo vuelos nacionales e internacionales. Desde Sevilla, es posible llegar a Aljaraque en autobús o alquilando un coche, con un trayecto de aproximadamente una hora. Además, la ciudad de Huelva, a solo 7 kilómetros, está bien conectada por tren y autobús, lo que facilita el acceso a Aljaraque.
Dentro de la ciudad, el transporte público es eficiente, con autobuses locales que conectan Aljaraque con las ciudades y playas cercanas. La ciudad es lo suficientemente pequeña como para explorarla a pie o en bicicleta, lo que permite a los visitantes disfrutar de su ambiente relajado. Para aquellos que deseen aventurarse más allá, el alquiler de coches es una opción ideal para explorar los alrededores y las áreas rurales.