La economía de Moguer está impulsada principalmente por la agricultura, con el cultivo de fresas como una de sus industrias más destacadas. El municipio forma parte de la famosa «Ruta de la Fresa» de Huelva, y sus campos producen algunas de las mejores fresas de España, que se exportan a toda Europa. Además de las fresas, Moguer es conocido por su producción de aceitunas, vino y cítricos, lo que convierte a la agricultura en un pilar fundamental de su economía.
Además de su producción agrícola, Moguer está emergiendo como un destino turístico, especialmente por su legado cultural y literario. La conexión con Juan Ramón Jiménez y la proximidad a reservas naturales y playas han ayudado a que Moguer se gane un lugar en el turismo cultural y ecológico. También destacan los pequeños negocios locales, las artesanías y la gastronomía, que juegan un papel clave en la economía local.
El turismo, especialmente durante los festivales, contribuye significativamente al dinamismo económico de Moguer, con tiendas, restaurantes y hoteles beneficiándose de la afluencia de visitantes.