Moguer es fácilmente accesible por carretera, con la cercana ciudad de Huelva proporcionando conexiones a las principales autopistas que conducen a Sevilla y otras partes de Andalucía. El aeropuerto internacional más cercano es el de Sevilla, situado a aproximadamente 90 kilómetros, que ofrece vuelos a destinos importantes de Europa. También se puede llegar a Moguer a través de servicios de autobús desde Huelva, Sevilla y otras ciudades cercanas.
Una vez en Moguer, moverse por la ciudad es sencillo. El tamaño de la ciudad permite recorrerla a pie, con la mayoría de las atracciones principales a poca distancia. El transporte público incluye autobuses locales, aunque muchos visitantes prefieren alquilar un coche para facilitar el acceso a los alrededores, las playas y los parques nacionales.
La proximidad de Moguer a grandes ciudades, junto con su ambiente relajado de pueblo pequeño, lo convierten en un destino conveniente pero tranquilo para quienes buscan explorar Andalucía a un ritmo más pausado.