La economía de San Juan del Puerto se sustenta principalmente en la agricultura, gracias a sus fértiles tierras y su clima favorable. La región es conocida por la producción de frutas y verduras de alta calidad, especialmente fresas y cítricos, que se exportan a diversos países de Europa. La agricultura sigue siendo uno de los pilares económicos de la ciudad, con muchas granjas familiares y cooperativas que contribuyen a la prosperidad local.
El turismo es otra industria clave, con visitantes atraídos por la rica historia, la cultura y los impresionantes alrededores naturales de la ciudad. San Juan del Puerto también sirve como una puerta de entrada a la provincia de Huelva, lo que permite a los turistas explorar atracciones costeras, parques naturales y sitios culturales. Además, la producción artesanal y las pequeñas empresas locales, como la fabricación de aceite de oliva y productos artesanales, también son importantes motores de la economía.
Aunque la minería ha disminuido con el tiempo, la herencia industrial de la región, especialmente el legado de las minas de Río Tinto, sigue siendo una atracción histórica que atrae a entusiastas de la historia industrial.