San Juan del Puerto está bien conectada por carretera, ferrocarril y transporte público. La ciudad está vinculada a otras partes de Andalucía a través de la autovía A-49, que la conecta con ciudades importantes como Sevilla y Huelva. El aeropuerto más cercano es el de Sevilla, que se encuentra a unos 90 kilómetros, lo que facilita la llegada de viajeros internacionales.
La ciudad también cuenta con una estación de tren local, que ofrece servicios regulares a Huelva y Sevilla, lo que facilita la llegada de visitantes en tren. Además, hay servicios de autobús disponibles que conectan San Juan del Puerto con localidades vecinas y áreas costeras.
Una vez en la ciudad, los visitantes encontrarán que San Juan del Puerto es fácilmente transitable a pie, con la mayoría de las atracciones, tiendas y restaurantes a poca distancia. También hay opciones de transporte público disponibles para aquellos que deseen explorar áreas cercanas.