La economía de Andújar se basa principalmente en la agricultura, siendo la producción de aceite de oliva la industria dominante. La provincia de Jaén es mundialmente famosa por la calidad de su aceite de oliva, y Andújar no es una excepción. Los campos circundantes están llenos de olivares, que producen algunos de los mejores aceites de oliva virgen extra de España, un producto clave de exportación. La industria del aceite de oliva no solo sostiene la economía local, sino que también atrae a visitantes que desean experimentar catas de aceite de oliva y recorridos por las fincas de olivos.
Además de la agricultura, Andújar cuenta con una próspera industria cerámica, con muchos artesanos locales que producen cerámica tradicional andaluza. Estas piezas hechas a mano son muy valoradas por su artesanía y belleza, lo que las convierte en populares recuerdos para los turistas. El turismo, especialmente relacionado con los parques naturales y los sitios históricos de la ciudad, también juega un papel importante en la economía local, con un interés creciente en el turismo rural y el ecoturismo en los últimos años.
La ciudad también cuenta con industrias de pequeña escala relacionadas con la alimentación, la artesanía y la manufactura ligera. Sin embargo, su atractivo como destino turístico sigue en crecimiento, lo que convierte a los negocios relacionados con la hospitalidad y los servicios en importantes contribuyentes a la economía.