La economía de Las Cabezas de San Juan ha estado tradicionalmente centrada en la agricultura, aprovechando las tierras fértiles de la región. Los olivares, viñedos y cultivos de cereales son comunes en el paisaje, y el aceite de oliva producido aquí es famoso en toda España. La viticultura también desempeña un papel importante, con bodegas locales que producen vinos y jereces de alta calidad para la exportación.
En los últimos años, el turismo ha ganado peso como un sector clave de la economía local. La ciudad, con su combinación de historia, cultura y belleza natural, ha atraído a visitantes que buscan una experiencia andaluza más tranquila y auténtica. El turismo de eventos, en particular, ha visto un crecimiento, con un aumento en la demanda de bodas, eventos corporativos y festivales culturales.
Las artesanías locales, especialmente la cerámica y los productos textiles, son también una parte importante de la economía, con talleres que ofrecen productos únicos tanto a los residentes como a los visitantes.