La economía de San Juan de Aznalfarache está íntimamente ligada a la de Sevilla, con muchos de sus habitantes trabajando en la capital andaluza. No obstante, la ciudad tiene un vibrante sector de servicios y comercio local que atiende a la población residente y a los visitantes. Con el crecimiento del turismo, este sector se ha vuelto cada vez más importante, atrayendo a turistas que desean disfrutar de la cercanía a Sevilla sin las multitudes de la gran ciudad.
La agricultura sigue siendo un pilar importante en la economía de la región, con una fuerte presencia de cultivos de olivos y cítricos. El aceite de oliva de la región es muy apreciado, y el comercio de productos artesanales también contribuye a la economía local.
Además, con el auge del turismo, han surgido nuevos negocios orientados a ofrecer experiencias a los visitantes, como restaurantes, alojamientos rurales y empresas de actividades culturales y recreativas.