La economía de Alayor está impulsada principalmente por la agricultura, el turismo y la manufactura a pequeña escala. La ciudad tiene una larga tradición en la producción de queso, y el «Queso Mahón», famoso a nivel internacional, es uno de sus productos más importantes. Muchas granjas locales y lecherías ofrecen visitas guiadas y degustaciones, brindando a los visitantes la oportunidad de conocer el proceso de elaboración y disfrutar de este delicioso manjar.
El turismo también juega un papel crucial en la economía de Alayor, atrayendo a visitantes por su encanto histórico, sus eventos culturales y su proximidad a las playas y atracciones naturales de Menorca. Además, la ciudad es conocida por su artesanía, y muchos negocios locales producen artículos hechos a mano como productos de cuero, cerámica y joyería, que son excelentes recuerdos y reflejan la rica tradición artesanal de la ciudad.
En los últimos años, Alayor ha visto un aumento en la inversión en turismo sostenible y en la agricultura, con un enfoque en la preservación del medio ambiente natural de la isla mientras se promueven los negocios locales y el patrimonio cultural.