La economía de Andoain ha estado tradicionalmente vinculada a su ubicación en una región rica en recursos naturales. Durante la Revolución Industrial, la ciudad experimentó un crecimiento significativo gracias a la industria manufacturera, especialmente en el sector del metal y la maquinaria. Hoy en día, Andoain sigue siendo un importante centro de manufactura, aunque la diversificación ha llevado al desarrollo de sectores como la tecnología y los servicios.
Además, la agricultura sigue desempeñando un papel importante en las áreas rurales que rodean la ciudad, especialmente en la producción de productos lácteos y ganadería. Los productos locales, como el queso Idiazabal, son un símbolo del patrimonio agrícola de la región y son altamente valorados tanto a nivel local como internacional.
El turismo también está en auge, impulsado por la belleza natural de la región y la creciente popularidad del País Vasco como destino cultural y gastronómico. Andoain se ha beneficiado de esta tendencia, ofreciendo a los visitantes una combinación única de naturaleza, cultura y gastronomía.